Ústav jaderného výzkumu Řež (ÚJV) byl založen v roce 1955. V počátečním krátkém období byl Ústav řízen Vládním výborem a následně převeden do Československé akademie věd. Při založení ÚJV byly uvolněny značné finanční prostředky, které umožnily rozvinout výzkumnou činnost a prakticky okamžitě zahájit projekční práce s následující výstavbou objektů a experimentálních zařízení v Řeži. Původním posláním Ústavu byly činnosti spojené se základním výzkumem v oboru jaderné fyziky, radiochemie a jaderné energetiky, výroba radioizotopů a výchova vědeckých pracovníků. Experimentální reaktor VVR-S byl uveden do provozu 24. září 1957.
První etapa budování ÚJV byla ukončena v roce 1962 výstavbou radiochemického pavilonu pro práci s vysokými aktivitami. Postupně se ukázalo, že zaměření ÚJV na základní výzkum v rámci ČSAV neodpovídá zcela situaci v zajišťování výstavby jaderných elektráren a jejich posuzování. Došlo proto k delimitaci Ústavu a jeho převážná část byla k 1. lednu 1972 převedena do působnosti tehdejší Československé komise pro atomovou energii. Ústav jaderného výzkumu se stal samostatnou příspěvkovou organizací. V tomto uspořádání pracoval dvacet jedna let. V Ústavu došlo k přestavbě struktury výzkumného programu. Výzkumná činnost byla v tomto obobí převážně nasměrována na budované a provozované jaderné elektrárny typu VVER, na rychlé reaktory a na potřeby orgánu státního dozoru nad jadernou bezpečností.
Ústav jaderného výzkumu byl k 31. prosinci 1992, v druhé vlně privatizace, transformován na akciovou společnost. Hlavní problém této transformace představovala změna orientace na potřeby zákazníka a s ní spojený nákladový šok, který se během dvou let podařilo zvládnout. Byl to výsledek velkého úsilí věnovaného transformaci činnosti Ústavu na potřeby zákazníků. Transformací se Ústav zařadil do obdobného procesu probíhajícího v jaderných centrech některých států západní Evropy.
V listopadu roku 2002 byl koupí části podniku Energoprojekt Praha a.s. - divize projektových a dodavatelských činností rozšířen předmět činnosti podnikání Ústavu jaderného výzkumu Řež a.s. o projektové a inženýrské služby. Činnost nově vzniklé divize Energoprojekt Praha navazuje, především v oblasti energetiky, na více než 50 letou tradici a know-how svého předchůdce Energoprojektu Praha.
V současné době poskytuje Ústav široký rozsah expertiz a služeb provozovatelům jaderných elektráren v České republice i v zahraničí, podporuje centrální státní instituce České republiky v oblasti strategického řízení energetiky a nakládání s jadernými odpady (Ministerstvo průmyslu a obchodu), zajišťuje nezávislou odbornou expertizu pro Státní úřad pro jadernou bezpečnost, zajišťuje rozvoj využití ionizujícího záření a ozařovacích služeb pro základní a aplikovaný výzkum, zdravotnictví a průmysl, poskytuje výzkum a služby pro likvidaci radioaktivních odpadů, zajišťuje výrobu radiofarmak, provádí výchovu a výcvik odborných a vědeckých pracovníků a řadu dalších činností.
Kromě toho Ústav působí i v nejaderných oblastech, například v oblasti klasické energetiky, chemického průmyslu a ochraně životního prostředí.
V oblasti mezinárodní spolupráce se daří ÚJV rozšiřovat a diversifikovat svoje vztahy. Základem je tradiční vazba na Mezinárodní agenturu pro atomovou energii. Po vstupu do OECD v roce 1995 se mezinárodní aktivity ÚJV rozšířily o intenzívní kontakty s NEA/OECD, kde je ÚJV aktivně zapojen ve většině pracovních orgánů zejména v CSNI. V rámci přípravy vstupu České republiky do EU se Ústav zapojil do 45 výzkumných programů v 5. rámcovém programu EU a v současné době se úspěšně zapojil do 6. rámcového programu. V bilaterální spolupráci Ústav spolupracuje v různých oblastech s předními zahraničními ústavy, např. IRSN a CEA (Francie), GRS (Německo), NRC (USA) a IAE Kurčatova (Rusko), apod.